Bij patiënten met CF is het ontstekingsproces gestoord. Bekend is dat sommige bacteriën (bijvoorbeeld pseudomonas) abnormaal sterk hechten aan de cellen van de luchtwegen van CF-patiënten Vervolgens blijkt dat luchtwegcellen bij CF-patiënten abnormaal veel signaalstofjes via het bloed afgeven, waardoor er als het ware een enorme invasie van witte bloedcellen (de soldaten) optreedt. Op hun beurt zijn de witte bloedcellen bij CF weer abnormaal. Het lijkt er op alsof al die soldaten als gekken in het rond schieten. De ‘kogelvangers’ schieten te kort, waardoor er heel veel schade wordt aangericht die eigenlijk niet nodig zou zijn. Bij CF-patiënten treedt dus een overmatige ontstekingsreactie op, waardoor de longfunctie geleidelijk achteruit gaat.