Soms wordt vrij snel na de geboorte duidelijk dat een kind CF heeft. Bijvoorbeeld als het problemen heeft met de eerste ontlasting of als het in de eerste maanden niet goed blijkt te groeien door problemen met de spijsvertering. Ook kunnen in het eerste jaar luchtweginfecties optreden. Het kan echter ook jaren duren voordat de ziekte herkend wordt, omdat er soms bij luchtweginfecties en darmproblemen niet direct aan deze ziekte wordt gedacht. De diagnose wordt meestal gesteld met behulp van een zweettest. Daarbij wordt de concentratie zout in het zweet gemeten. Deze is bij CF-patiënten zeer hoog. Het is ouders vaak al opgevallen dat hun kind zout smaakt als ze hen kussen.
Tegenwoordig wordt ook een chromosomenonderzoek gedaan, zodat meteen meer informatie over de afwijking in het gen bekend wordt.