De organisatie van het Calamiteitenhospitaal is traditioneel gericht op de opvang van slachtoffers van vormen van fysiek geweld. Opvangmogelijkheden voor slachtoffers van calamiteiten van nucleaire, chemische of biologische impact zijn er in Nederland niet of nauwelijks. Hiervoor is specifieke expertise benodigd die voor een belangrijk deel in het Calamiteitenhospitaal aanwezig is door onder andere de samenwerking met het Nationaal Vergiftigingen Informatie Centrum (NVIC), onderdeel van het Rijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu (RIVM).
De infrastructuur van het Calamiteitenhospitaal, door middel van bijvoorbeeld. een eigen luchtbehandeling met speciale filters, is geschikt om een beperkt aantal patiënten onder quarantaine omstandigheden te verzorgen. Hierdoor is centrale opvang van groepen patiënten met bepaalde infectieziekten als pokken en SARS mogelijk.