Het derde jaar ziet er voor een groot deel anders uit dan de jaren 1 en 2. Nieuwe elementen zijn de co-assistentschappen Interne geneeskunde en Chirurgie en de twee blokken die je daarop voorbereiden. Daarnaast zijn er theorieblokken en lijnonderwijs. Dat laatste bestaat uit PLO en TLO (theoretisch lijnonderwijs).
Omdat het onmogelijk is om 300 studenten tegelijkertijd hetzelfde co-assistentschap te laten lopen, is er vanaf jaar 3 geen sprake meer van een uniform programma voor alle studenten. In elk co-assistentschap stroomt er per twee weken steeds één groepje van 12 studenten in. Het programma houdt daarnaast rekening met het gegeven dat veel co-assistentschappen voorafgegaan moeten worden door een aan dat co-assistentschap gerelateerd blok.
Elk deelcohort heeft dus zijn eigen jaarprogramma; sommige groepen starten eerder met hun programma van jaar 3 en andere groepen gaan juist weer langer door. Zie het jaaroverzicht van jaar 3 hieronder. Verticaal staan daar de 24 studentengroepen en horizontaal de weken van het jaar.