In de meeste gevallen is de oorzaak van een schisis niet duidelijk.
Schisis kan ontstaan door een combinatie van aanlegfactoren en storende invloeden van buitenaf in de periode tussen de zes en twaalf weken na de bevruchting.
De oorzaken kunnen in drie groepen worden ingedeeld:
- Een stoornis in de zwangerschap
In de normale ontwikkeling bestaat er bij iedereen in eerste instantie een dubbelzijdige lip-, kaak-en gehemeltespleet. (zie tekening onderaan)
Normaal groeien de verschillende delen naar elkaar toe en versmelten. Tussen de zesde en negende week van de zwangerschap sluiten de lip en de bovenkaak zich. Tussen de negende en twaalfde week het gehemelte. Als dit proces niet of volledig plaatsvindt, blijven er spleten bestaan.
- Genetische factoren
Genetische factoren spelen een rol op het moment van de bevruchting. De schisis kan bijvoorbeeld veroorzaakt worden door een chromosoomafwijking. Meestal zijn er dan behalve een schisis nog ander aangeboren afwijkingen aanwezig. Een andere mogelijkheid is dat de aanleg voor schisis via één of beide ouders is doorgegeven. Schisis komt dan voor bij één of beide ouders, en/of één of meerdere familieleden.
- Een combinatie van factoren
Meestal ontstaat schisis door een combinatie van genetische factoren en stoornissen van buitenaf in de 'gevoelige periode' van de embryonale ontwikkeling.