De organisatiestructuur van het UMC Utrecht is een professioneel concernmodel. Het organogram laat de verschillende organisatieonderdelen zien. De Raad van Bestuur zet de grote lijnen uit. De divisies en directies functioneren inhoudelijk en organisatorisch als zelfstandige onderdelen. Zij hebben een eigen budget en een eigen beleid. Iedere maand komen de divisievoorzitters (inhoudelijke professionals) en directeuren met de Raad van Bestuur bij elkaar om divisieoverstijgende en strategische onderwerpen te bespreken. Net als bij de Raad van Bestuur zijn bij de divisies en afdelingen de drie kerntaken onderwijs, onderzoek en zorg geïntegreerd.