Om het Hubrecht Instituut verder uit te kunnen bouwen tot een internationaal toonaangevend instituut op het terrein van biomedisch onderzoek besloten de Koninklijke Nederlandse Akademie van Wetenschappen (KNAW) en het UMC Utrecht in 2007 een samenwerking aan te gaan.
In oktober 2008 bezocht een internationale evaluatiecommissie het Hubrecht Instituut. De resultaten werden in 2009 bekend. De commissie beoordeelde het instituut als ‘excellent’. De commissie noemt het Hubrecht Instituut een ‘excellent instituut dat zijn medewerkers een extreem stimulerende werkomgeving biedt’. De wetenschappelijke publicaties in internationale tijdschriften worden eveneens als excellent beoordeeld. Directeur Hans Clevers heeft volgens de evaluatiecommissie de capaciteiten om het instituut verder uit te bouwen tot een internationaal beeldbepalend instituut op het terrein van biomedisch onderzoek.
De evaluatiecommissie geeft het instituut ook een aantal aanbevelingen. Zo moet bij het werven van nieuwe medewerkers de focus liggen op het aannemen van vrouwelijke toponderzoekers. Om het instituut verder uit te kunnen bouwen tot een instituut van wereldformaat en de vitaliteit van de organisatie te waarborgen, is het volgens de commissie belangrijk om de allerbeste internationale kandidaten aan te (blijven) trekken voor nieuwe posities.