Het Kinderbewegingscentrum werkt samen met de volgende afdelingen van het Wilhelmina Kinderziekenhuis:
- Kinderreumatologie en Immunologie
- Kinderlongziekten
- Kinderhartcentrum
- Kinderhematologie
- Neonatologie
- Metabole ziekten
- Van Creveldkliniek
- Klinische psychologie en Maatschappelijk werk
Daarnaast wordt samengewerkt met de volgende nationale instellingen:
- VU Medisch Centrum
- Radboud Medisch Centrum
- Maastricht Universitair Medisch Centrum
- Bio Research Centre for Children
- Brandwondenunit van het Martini Ziekenhuis Groningen
- Technische Universiteit Eindhoven
Het Kinderbewegingscentrum werkt samen met onderstaande internationale instellingen:
- Hospital for Sick Children in Toronto
- Bloorview Kids Rehab in Toronto
- Children's Exercise and Nutrition Centre van het McMaster Children's Hospital in Hamilton