Verschillende parasieten kunnen (chronische) diarree veroorzaken. Wanneer een faeces met aanvraag parasieten wordt ingestuurd wordt standaard de PCR voor parasitaire gastro-enteritis verricht. Deze vervangt de vroegere triple faeces test (TFT). M.b.v. de PCR worden de 5 belangrijkste parasieten (protozoa) aangetoond. Dit zijn Giardia lamblia, Dientamoeba fragilis, Entamoeba histolytica/dispar, Blastocystis hominis en Cryptosporidium species. Andere parasieten worden niet aangetoond met de PCR.
Indien uitgebreider onderzoek gewenst is het van belang om klinische gegevens te vermelden op het aanvraagformulier of te overleggen met de arts-microbioloog. Indicaties kunnen zijn: voorafgaand tropenbezoek, verdenking op een worminfectie, en/of diarree bij immuunsuppressie. Dan kan de Fecal Parasite Concentrator (FPC) ophopingsmethode toegepast worden op de faeces voor microscopisch onderzoek naar wormeieren. Soms is het zinvol om microscopisch onderzoek naar wormeieren en cysten te herhalen. Wormeieren worden namelijk in wisselende hoeveelheden uitgescheiden.
Het formulier voor parasitologisch faecesonderzoek dient door de aanvrager correct ingevuld te zijn. Graag vermelden van klinische gegevens, met name wanneer er sprake is van recent tropenbezoek en/of immuunsuppressie.
Na overleg met de arts-microbioloog kan ook besloten worden om onderzoek te verrichten met behulp van TFT (triple faeces test), bijvoorbeeld indien de parasitaire gastro-enteritis PCR herhaaldelijk geen resultaat oplevert. Zie TFT.